Секвенатор Ion S5XL Ion Torrent

• Принцип работы — полупроводниковое секвенирование — встраивание нуклеотидов полимеразой, с детекцией протонов (Н+) в полупроводниковом микрочипе;
• не требует применения красителей, лазеров, фотодетекторов;
• точность анализа, % — 99,9;
• полученные результаты обсчитываются серверной станцией;
• длина рида, п.н. — 200 или 400;
• длительность запуска — 2,5 ч (при длине рида 200 п.н.), 4 ч (при длине рида 400 п.н.);
• количество прочтений, млн.:
  • Ion 520 — 3-5;
  • Ion 530 — 15-18;
  • Ion 540 — 60-80.
• гибкая система чипов разной производительности, п.н.:
  • Ion 520 — 0,6-1 млрд. (при длине рида 200 п.н.), 1,2-2 млрд. (при длине рида 400 п.н.);
  • Ion 530 — 3-3,5 млрд. (при длине рида 200 п.н.), 6-7,2 млрд. (при длине рида 400 п.н.);
  • Ion 540 — 10-15 млрд. (при длине рида 200 п.н.).
• длительность анализа:
  • Ion 520 — 1 ч (при длине рида 200 п.н.), 2 ч (при длине рида 400 п.н.);
  • Ion 530 — 2,5 ч (при длине рида 200 п.н.), 4 ч (при длине рида 400 п.н.);
  • Ion 540 — 5 ч (при длине рида 200 п.н.).
• габариты, ШхГхВ, мм — 542×806×509;
• вес нетто/ брутто, кг — 63,5/90,7.

Характеристики сервера:

• конфигурация — отдельный стационарный компьютер в корпусе «tower», который поставляется вместе с системой Ion S5 XL;
• ПО Torrent Suite со всеми необходимыми компонентами для обработки сигналов, определения последовательности оснований, выравнивания прочтений и определения мутаций;
• процессор — E5-2680 v3 или лучше;
• оперативная память — не менее 128 GB;
• процессор GPU — NVIDIA K40;
• хранение данных (приблизительтно) — доступно 28 TB;
• операционная система — Система Ubuntu;
• формат данных — стандартные форматы выходных данных FASTQ, SFF, BAM и VCF;
• габариты, ШхГхВ, мм — 216×566×566;
• вес, кг — 45.

Особенности:

• менее 15 минут ручного труда для запуска секвенатора, менее 45 минут ручного труда для процедуры таргетного секвенирования от ДНК до результатов;
• запуск секвенатора длится от 2,5 до 4 часов, от ДНК до результатов всего 24 часа;
• небольшое количество стартового материала: 10 нг HK или РНК невысокого качества достаточно для получения полного списка мутаций или профиля экспрессии генов;
• масштабируемость: один секвенатор для разнообразных экспериментальных задач, несколько форматов чипов для соответствия изменяющимся требованиям научных исследований.

Основные применения: 

• исследования рака: обнаружение химерных транскриптов в образцах тканей, исследование однонуклеотидных полиморфизмов (SNP), инсерций и делеций, изменения числа копий генов (CNV), уровней экспрессии генов, используя 10 нг FFPE ДНК или РНК.
• исследования наследственных заболеваний: изучение мутаций, связанных с метаболизмом лекарст, секвенирование больших и малых панелей генов, обнаружение SNP, инсерции и делеции, а также CNV, связанных с редкими или неизвестными болезнями, с помощью полноэкзомного секвенирования;
• исследования инфекционных заболеваний: идентификация и генотипирование микроорганизмов с помощью полногеномного секвенирования, определение мутаций, ответственные за устойчивость к антибиотикам;
• исследование анеуплоидий: высокопроизводительное определение анеуплоидий и числа копий генов.

Аксессуары и опции: панели AmliSeq, наборы реагентов, чипы для секвенирования Ion 520 Ion 530 Ion 540

Вспомогательное оборудование : станция пробоподготовки Ion Chef, станция пробоподготовки OneTouch 2 термоциклеры; микроцентрифуга для чипов, микроцентрифуги, центрифуги-вортексы, вортекс, флуориметр Qubit 3.0; гомогенизатор,  системы препаративного электрофореза, магнитные штативы, источник бесперебойного питания, твердотельные термостаты, мембранный насос, пипетки, штативы. 

Комплект поставки, чипы, наборы. реагенты и расходные материалы — по запросу.